Der altsprachliche Schwerpunkt
Das Heinz-Berggruen-Gymnasium eröffnet pro Jahr zwei fünfte Klassen, die mit Latein als zweiter Fremdsprache in Klasse 5 beginnen; für Schüler dieser Klassen ist Griechisch oder Französisch als dritte Fremdsprache ab Klasse 8 verpflichtend.
Ebenso nimmt die Schule jährlich zwei siebte Klassen mit Latein als zweiter Fremdsprache auf. Für diese Schüler besteht nicht die Pflicht, aber die Möglichkeit, eine der beiden dritten Fremdsprachen zu wählen. Damit ist das Heinz-Berggruen-Gymnasium eine der ganz wenigen Schulen Berlins, an der Schüler des Bildungsgangs ab Klasse 7 noch das Fach Griechisch wählen können.
In der gymnasialen Oberstufe werden die Fächer Latein und Griechisch in jedem Jahr als Leistungs- und Grundkurse angeboten. Die Schule ermöglicht allen Schülern, die dies wünschen, die Abschlüsse „Latinum“ und „Graecum“.
Der künstlerische Schwerpunkt
Der Charakter des Kunstunterrichts ist geprägt durch die konkrete künstlerische Arbeit, die unmittelbar und themengebunden mit kunstgeschichtlichen Bezügen und Inhalten verknüpft wird. Dies bezieht sich auf alle künstlerischen Bereiche wie Malerei, Architektur, Design und Visuelle Medien.
Manuelles handwerkliches Arbeiten, Konzeptentwicklung, schriftliche Arbeit, Vortrag und Präsentation, die Arbeit mit modernen Medien (digitale Fotografie und Bildverarbeitung, Grafikdesign) werden im Rahmen des kreativen künstlerischen Schaffensprozesses themen- und projektbezogen eingesetzt. Dafür steht eine Vielzahl an Werkstätten zur Verfügung: Keramikwerkstatt, Druckgraphikwerkstatt (Radierung), Holzwerkstatt, Fotolabor, Computerraum, großzügige Fach- und Ausstellungsräume.
Der musikalische Schwerpunkt
Der musikalische Schwerpunkt spiegelt sich in der überdurchschnittlichen Ausstattung des Musikfachbereichs, im Unterrichtsangebot des Faches Musik, in der Vielzahl und in der Qualität der schulischen Musik-Ensembles und in den regelmäßig stattfindenden musikalischen Veranstaltungen wider. Über ein Drittel der Schüler nehmen an mindestens einem Musik-Ensemble teil. Besondere Höhepunkte sind die Weihnachtskonzerte im Konzertsaal der Universität der Künste (UdK) und die Sommerkonzerte im Kammermusiksaal der Philharmonie.